如(rú)何建立一個PCR實驗室(shì)
為了對以個特定序列進行(háng)PCR做重複檢(jiǎn)測,需要三個不同的區域,每一個區域的具體技術操作和試劑在下麵(miàn)詳細列出。
1、樣品準(zhǔn)備區
這個區域專門用作樣品的準備,在製備(bèi)和操作用於核酸提取的試劑時應該采取預防措施:
1)PCR產物和帶有要擴增序(xù)列(liè)的DNA克隆不能在這個房(fáng)間操作。
2)組織(zhī)培養物、組織標本和血清樣品都(dōu)帶進樣品準備間(jiān)處理,以根據應用的需要提取DNA或RNA。
3)用於樣品處理的工具不能被用作普通分子克(kè)隆的工具,也不能(néng)用作操作靶序列。
4)DNA樣品應該用有專門(mén)的防護或正壓活塞式移液管操作,以防止在吸取樣品時有氣溶膠遺留。
5)大體積樣品應該(gāi)用單獨包裝的無菌一次性移液(yè)管吸取。
6)管子打開前(qián)都要簡短離心以減少氣(qì)溶膠的產生,而且管子不能(néng)用力崩(bēng)開,這樣會產生氣溶膠。
7)任何時候都(dōu)應該穿實驗服和帶手套,手套要經(jīng)常(cháng)更換,尤(yóu)其在抽提過程(chéng)中(zhōng)每一步之間都要更換。實驗服要專門用於樣品準備間,經常清洗。
2、樣品準備和RNA-PCR
RNA-PCR的額外步驟需要額外的樣品操作(zuò),這樣(yàng)增加了樣品之間(jiān)汙染的機會。為了避免這一問題,反轉錄一步可以在樣品(pǐn)準備區(qū)進行。在(zài)RNA-PCR中應用UNG以(yǐ)防止(zhǐ)汙染的方法也(yě)有報道。
3、前PCR區
必須有專門用於準備各種反應的區域,這個區域必須保持幹淨,而且沒有(yǒu)來自克隆和樣品準備的汙染。前(qián)PCR區必須要有試劑和準備,特別是專(zhuān)門用於前PCR區的正壓活(huó)塞式移液管。
4、PCR實驗室試劑的操作
1)所用的所有溶液(yè)都應該沒有核酸和(或)核(hé)酸(suān)酶(méi)(DNase和RNase)汙染。
2)所有(yǒu)PCR試劑中使用的(de)水(shuǐ)都(dōu)應該是高質量的-新鮮蒸餾的去離子水,用(yòng)0.22μm過濾的,並且是高壓滅菌(jun1)。
3)在20℃到25℃貯存的試劑建議加點像疊氮鈉一類的(de)抗微(wēi)生物劑,在擴增試劑或樣品製備試劑(jì)中(zhōng)加(jiā)入0.025%的疊氮(dàn)鈉不抑製擴增反應。
4)所用試劑都(dōu)應該(gāi)以大體積配製,實驗一下看試劑是否滿意,然後分裝成(chéng)僅夠一次使用的量進行貯存。
5)所有試劑和(hé)樣品準備過程中都要(yào)使用一次(cì)性滅菌的瓶子和管子。
6)新配製的試劑(jì)在用於準備新的標本之前應該加以檢驗。
7)樣品準備和前(qián)PCR區所(suǒ)使用的移液管在不使用時都應(yīng)該小心保(bǎo)存。
5、在前PCR區建(jiàn)立PCR混合物
1)可以把即刻可用的“主混合物”溶液配(pèi)好、分裝並保存在-20℃或4℃,在實驗室隻涉及(jí)到擴增一種或少(shǎo)數幾種特異序列時這(zhè)樣做很有用。
2)如果你(nǐ)的實(shí)驗室使用多套引物,以致於配製包括所有試劑的單(dān)一反應混合物不夠經濟,可以考慮分裝保存夠一天的PCR成分。
3)作為一個規則,應該保存一套陰性、弱陽性和強陽性對照樣品來分析樣(yàng)品配製和PCR前過程的效率和潔淨程度。而且,你也希望通過使用一個已知(zhī)的弱陽性樣品來驗證(zhèng)你的樣品(pǐn)緩衝液以證明裏麵(miàn)不含擴增抑製物。
4)陰性樣品要與每組(zǔ)樣品(pǐn)同時做,以分析是否存在樣品與樣(yàng)品之間的汙染以(yǐ)及是否存在PCR產物的汙(wū)染(rǎn),陰性對照應該包括核酸以外的所有試劑。
5)當做陽性對照時,有(yǒu)兩個(gè)理由決定了應該使用最(zuì)少數量的核酸。
6)由於必(bì)須有(yǒu)對照(zhào)反應,對照模板的特點應該予以考慮。
6、控製汙染的方法
已(yǐ)設計出很有力(lì)的酶(méi)學方(fāng)法用來消除一種形式的汙染—使用UNG,這一技術能有效地消除由PCR產物引起的汙染。另一種控製汙染的方法是使用紫(zǐ)外線,這種方法不能完(wán)全消除汙染問題,但可以將汙染(rǎn)降低幾個(gè)數量級。
7、PCR儀的位置
8、後PCR區
PCR完成以後,需要分析樣品並解釋數(shù)據(jù),應該留出一個專(zhuān)門用於反應後處理樣品的地方。後PCR活動中使(shǐ)用的所(suǒ)用試劑、一次性耗材和儀器都必須是專門用於這(zhè)一目的,決不能把實驗室(shì)這一區域的試劑或儀器用於任何前PCR活動。